בתורה יד ביאר רבנו ששורש הכבוד ביראה וכשמעלה הכבוד ליראה נשלם היראה וכאן מבאר שורש היראה בדעת וכשמעלה היראה לדעת נשלם היראה והדעת. בתורה יד תלה את השלום בשלימות היראה וכאן תולה היראה בדעת שעי"ז זוכה לתורה שבנגלה ועי"ז לשפלות ועי"ז לתפילה במסירות נפש ועי"ז לנסתר שבתורה.
בתורה זו מלמד רבינו שהאור של רבנו הוא אור הגנוז (כמבואר בשיש"ק) בחי' הנסתר שבתורה, בחי' הנסתר של הקב"ה,
ושזוכים לזה ע"י תיקון מדת היראה, ע"י משפט ששופט עצמו בהתבודדות, עד שיודע היטב ומרגיש עד כמה צריך לירא רק ממנו ית', ואזי זוכה לדעת, ועי"ז לתורה שבנגלה, ועי"ז לשפלות, ועי"ז לתפלה מסירות נפש, ועי"ז לנסתר שבתורה, שהוא סוד כי הוא לכל אחד כפום מה דמשער בלביה. כי היא האלוקות גבוהה ביותר הנעלמת בטבע (לק"ה).
בכל התורה הזו לא נזכר התבודדות כלל אבל בקיצור השלם אות א' ואות ב' כותב שהמשפט האמור כאן שעל ידו מברר את היראה ומעלה אותה לשרשה בדעת הכוונה להתבודדות.