רבנו מבאר שכל החסרונות הם מחסרון הרוח חיים, שהוא רוח אלקים המרחפת על פני התורה, שצמצם עצמו להיות רוח חיים אצל הצדיק, וע"י אנחה בגעגונים לה' ית' בהתקשרות לצדיק ממשיך ממנו רוח חיים שמכפרת את העוון וממלאה חסרונו. אבל כשחסרונו היא המחלוקת של הרשעים על הצדיק ואנשיו, אסור להתגרות בהם, כי גם להם יש רוח חיים מהרב דקליפה והיא גדולה מאד בשעתה. על כן רק צדיק גמור שתיקן כל מדותיו עד שאין בו שום ריח מהמדה רעה של הרשע, יכול להיכנס לצינור הרע שלו וצאת בשלום, ועי"ז להכניע אותו. ולתיקון המדות זוכים ע"י תורה ללון בעמקה של הלכה ולבררה היטב מכל הפסולת. ולתורה זוכים ע"י תפילה כי מעין מבית ה' יצא, באופן שהתפילה מגלה יש מאין את השכל בכח וע"י התורה הוא יוצא לפועל.